Unsere Geschichte beginnt ein Jahr nach Link Ganondorf besiegt und Midna wieder in das Zwielichtreich. Link hat zum Schloss Hyrule gerufen worden, wo Zelda erzählt Link, dass in einem Traum, den sie von Artefakt erfuhr, die in den Tempel der Zeit gespeichert wurde und sie will ihn um es zurückzuholen.